近年、畜産経営の大規模化の進行に伴い、家畜排せつ物の発生量が増大し、その利用が困難になりつつあり、野積み・素掘りをはじめとする家畜排せつ物の不適切な管理が増えています。このことが、主な原因となって、家畜排せつ物の管理のあり方をめぐり、畜産業を営む者と地域住民との間で問題が生じる事例も見受けられるようになっています。また、野積み・素掘りは、家畜排せつ物の河川への流出や地下水への浸透等によりクリプトスポリジウム（原虫）や硝酸性窒素による水質汚濁を招くおそれもあるため、早急にその解消を図る必要があります。
環境問題に対する国民の意識が高まる中で、地域において畜産を安定的に営んでいくためには、家畜排せつ物の管理について、畜産業を営む者が遵守すべき管理基準が定めれたものです。